牡丹江大學設有智能制造學院、建筑工程學院、醫(yī)療保健學院、信息與電氣工程學院、會計與金融學院、經(jīng)濟貿易與管理學院、動畫學院、媒體與藝術學院、外國語學院、繼續(xù)教育學院及其他學院，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

一、學院

智能制造研究院

建筑工程學院

醫(yī)療保健學院

信息與電氣工程學院

會計與金融學院

經(jīng)濟貿易與管理學院

動畫學院

媒體與藝術學院

外國語學院

繼續(xù)教育

牡丹江衛(wèi)生學校

牡丹江大學附屬中等職業(yè)技術學校

思想政治部

體育教研室

二、牡丹江學院簡介

牡丹江學院，位于黑龍江省牡丹江市，成立于1983年，經(jīng)黑龍江省人民政府批準，教育部注冊，牡丹江市人民政府主辦的一所綜合性全日制普通高等院校。

1983年7月，黑龍江省高等教育局批準設立牡丹江大學。1984年8月，牡丹江學院與市行政干部學校合并。1985年8月，學校新教學樓落成，擁有了自己的教學樓，告別委托學校、借地辦學、聯(lián)合辦學的歷史。1986年6月，牡丹江市政府決定將市職工大學并入牡丹江學院。1991年5月，牡丹江廣播電視大學并入牡丹江大學。2012 年 11 月 15 日，牡丹江大學申請升格為應用型本科院校獲黑龍江省政府批準列入國家“十二五”規(guī)劃。2019 年 8 月 5 日，牡丹江大學醫(yī)療保健學院成立暨揭牌儀式在牡丹江衛(wèi)生學校舉行，學院的成立結束了牡丹江沒有高等醫(yī)學院校的歷史。